为了保证微孔加工具有良好的尺寸精度、圆度和直线度，最重要的前提是采用进给精度高、稳定性好的机床。特别要注意的是，要大大抑制主轴、夹具和刀具的组合误差。
适用于小直径孔加工的机床配备了专用钻孔附件，可进行高精度小直径孔加工。该装置具有可在水平和垂直方向调节的导轨，便于与主轴同轴。主轴和钻头轴线通过专用仪器进行校直，从而可以在低速旋转时调整两轴线。与仅钻头旋转的常规加工方法相比，主轴和钻头轴线同时旋转的方法可以获得更高的同轴度。
微型钻头的柄形大致有两种，一种是小直柄，一种是粗杆直柄。刀具材料仍以钴高速钢为主。近年来，涂层钻头和硬质合金钻头大量出现。特别是细颗粒硬质合金，其耐磨性和韧性大大提高。目前，已经开发出粒度小于0.5μm的WC超细颗粒硬质合金，其抗弯强度可达500kg/mm2，硬度可达92.5HRA。用它制作微型钻头，切削性能非常理想。
钻孔前应先用显微镜仔细检查备用钻头，如果使用刃磨精度低的钻头，不但会降低加工孔的精度，严重时还会导致钻头断裂。
在钻头尺寸精度方面，如果加工不锈钢或铁镍钴合金等材料，则要求切削刃高度误差在0.001-0.02mm左右。这样可以防止刃口磨损，延长刀具寿命。
被加工零件应具有较高的同轴度、垂直度和良好的表面粗糙度，尤其是在钻头的入口和出口处。如果精度差，会加剧切削刃磨损，甚至导致钻头折断。入口面最好进行磨削或抛光处理，以提高孔的加工精度。此外，中心钻的钻尖角必须与所用钻头的钻尖角一致。
微型钻头的芯部厚度较大，切削刃较小，假设按一般圆周速度计算加工，那么不仅会失去钻头的动平衡，降低加工孔的精度，而且容易造成钻头折断。因此，加工微型孔时必须考虑孔径、深度等因素，并针对不同的工件材料确定适当的加工条件。如果所用刀具为钴高速钢钻头，其转速应为1000-1500m/min。如果为硬质合金钻头，由于其纵向弹性模量较大，高速旋转时的离心力在刀尖引起的振动较小，因此可以采用高速切削。
微型钻头的截面积较小，直径越小，钻头的刚性越低。因此，要求所选用的夹紧系统在高速旋转时能保持较高的夹紧刚性和跳动精度，所选用的加工中心也必须具备高精度的定位特性。一般情况下，当小直径孔加工的L/D比达到3倍以上时，切削深度应确定为钻头直径的20%-30%。
对于小直径孔加工所用的切削液，要特别注意其润滑性能。润滑性好的切削液容易粘附在钻槽上，更容易通过钻槽到达加工部位，可以减少摩擦，降低刀具磨损，同时也利于排屑。如果能配上喷淋装置，更有利于排屑，提高加工效率。
